纯净水里有微生物，但是含量符合国家规定标准就无碍。

国家瓶装纯净水微生物指标规定：细菌总数：小于20个每毫升，微生物是一切肉眼看不见或看不清的微小生物，个体微小，结构简单，通常要用光学显微镜和电子显微镜才能看清楚的生物，统称为微生物。

微生物包括：病毒；细菌：如大肠杆菌，金黄色葡萄球菌，枯草芽孢杆菌等；真菌：如霉菌、酵母菌等，如果纯净水在生产加工、运输和销售过程等各个环节上处理不够卫生容易导致微生物超标。