1、九阴手游是2D版的是最开始发行的，九阴真经3D是3D版的，是九阴手游的升级版；

2、门派有所不同，九阴手游职业：丐帮，锦衣卫，少林，武当，唐门，君子堂，峨眉；九阴真经3D：凌霄城，峨眉，唐门，明教，武当；

3、玩法不同，九阴真经3D新推出了自创武学玩法；

4、九阴真经3D轻功系统比九阴手游有着更大的升级。