留学归国后档案保存方式有两种 ：

1、人才交流服务中心或街道办事处；

2、教育部留学服务中心留学人员档案室。

根据中共中央组织部、人事部关于《流动人员人事档案管理暂行规定》，流动人员人事档案管理机构为县以上(含县)党委组织部门和政府人事行政部门所属的人才流动服务机构，其他任何单位不得擅自管理流动人员人事档案，严禁个人保管他人人事档案。