因为秦日纲依附韦昌辉，想谋朝篡位。

1856年七月，日纲正在金坛督师进击清军，杨秀清谋称万岁事起，奉天王密诏回京诛杨秀清，杨秀清执政，对日纲时加威迫，日纲自以与杨秀清同在金田首义，积不能平，又因牧马的事件，受了杨秀清无理杖责，衔恨愈深，至是接到天王密命，与韦昌辉乘夜带兵入城杀杨秀清，他在杀杨秀清后，附从韦昌辉，妄肆杀戮，石达开出走，他奉韦昌辉命带兵追至西梁山，此时他得到情报，知京外太平军都起来声讨逆贼韦昌辉，石达开也集合了一枝强大的军队，才转移目标去攻击清军，希图讨好革命群众，天王既诛韦昌辉，亦逮其回，十月二十二日，在天京处死，爵除。