1926年经诊断生肾瘤，为庸医所误，手术时误切好肾，后虽经细心调理，但身体状况还是越来越差，1928年由于经历恩师康有为去世、爱徒范静生去世、王国维投湖等大悲之事，11月12日他已不能伏案工作了，于1929年1月19日病逝于北京协和医院。