文昌鱼是一种半底栖生物，基本生存条件是“沙”。文昌鱼体形狭长，略呈透明的淡红色，两端尖细，没有分化的头部，见不到眼、耳、鼻，只有一个没有分化的消化器官和一条跳动的腹血管，依稀可以辩出口和咽喉，一条直肠通肛门，身体很短少，每500克重就会有4000多条文昌鱼。文昌鱼说它是“鱼”，实际上并不是鱼。它是介于无脊椎动物和脊椎动物之间的动物，而更趋向于脊椎动物。

1774年，德国动物学家蒙帕拉斯曾把文昌鱼命名为软体动物中蛞蝓的一种，后来，各国动物学家相继研究了文昌鱼的结构和胚胎发育，才确定它应该属于脊索动物门、头索动物亚门的一种。