金蝶迷你系统设置应交增值税科目的步骤如下：点击“系统维护”--“会计科目”--选择“负债”--找到“应交税费”--点击“增加”。

应交增值税是指一般纳税人和小规模纳税人销售货物或者提供加工、修理修配劳务活动本期应交纳的增值税，本项目按销项税额与进项税额之间的差额填写。