1、吴茱萸中所含的吴茱萸苦素为苦味质，有苦味健胃作用，其所含的挥发油又具有芳香健胃作用。

2、吴茱萸汤对大肠杆菌有强力的抑制作用（但煎煮过浓则失效），并对猪蛔虫有显著杀虫效力。又动物实验还发现本品有收缩子宫的作用；吴茱萸汤对麻醉犬有升压作用。

3、具有抗盐酸性胃溃疡和消炎痛加乙醇性胃溃疡作用，对水浸应激性和结扎幽门性溃疡有抑制形成的倾向。