木糖是木聚糖的一个组分，木聚糖广泛存在于植物中。木糖也存在于动物肝素、软骨素和糖蛋白中，它是某些糖蛋白中糖链与丝氨酸（或苏氨酸）的连接单位。在自然界迄今还未发现游离状态的木糖。

木糖是一种戊糖。天然D-木糖是以多糖的形态存在于植物中。因为它们特别在农产品的废弃部分中（例如玉米的穗轴、秸秆、棉桃的外皮）含量很多。