现役军人协议离婚程序有：

1、夫妻双方签订离婚协议，协议中必须对子女抚养、财产、债务等问题达成一致处理意见；

2、须经所在单位团以上政治机关同意，并出具证明；

3、携相关证件到婚姻登记机关离婚；

4、婚姻登记机关审查；

5、对符合离婚条件的，应予登记，发给离婚证，注销结婚证。

【法律依据】

《关于军队贯彻执行〈中华人民共和国婚姻法〉的暂行规定》第六条，现役军人提出离婚，应持严肃慎重的态度，要不违反法令，不败坏道德。申请离婚者须经所在单位团以上政治机关同意，并出具证明，方可到地方婚姻登记机关登记离婚、或向人民法院提出离婚诉讼。