南浔境内发现的洪城、花城、上石等古文化遗址证明，早在新石器时代，原始社会氏族部落就在此繁衍生息。

相传夏禹治水，划天下为九州，南浔辖域隶属扬州。

春秋战国时期先后属吴、越、楚。公元前333年，楚以此为春申君之封邑，始建菰城县，南浔辖域隶属菰城县。

西晋太康三年（公元282年），分乌程县东乡置东迁县，县治在今旧馆。

南朝宋元徽四年，东迁县改为东安县，次年仍复名为东迁县。隋开皇九年东迁县并入乌程县。

宋太平兴国七年，分乌程县东南15乡置归安县。

民国元年（1912年），乌程、归安合并为吴兴县，今南浔辖域隶属吴兴县。

1949年5月2日，南浔解放，今南浔辖区隶属吴兴县。

1993年9月，湖州市区下设城区、南浔区、菱湖区3个区工委。南浔镇属南浔区。

2011年6月30日，湖州南浔古镇管理委员会作为区政府派出机构正式成立，领导公司对古镇区开展保护、利用、规划、建设和管理工作。