村民违法占地建房存在的问题有：

一、借新农村建设之名违法占地。新农村建设应当按照“生产发展、生活富裕、乡风文明、村容整洁、管理民主”的总体要求逐步推进。

二、村庄和集镇建设规划滞后。村庄和集镇建设规划更是乡镇、城建、国土多头管理，致使实际形成有人管理、无人牵头的现象。

三、国土资源管理体制不顺，执法监察难以实施。

四、法律和政策上的问题。根据《中华人民共和国土地管理法》第六条规定：土地行政主管部门有权“责令非法占用土地的单位或者个人停止违反土地管理法律、法规的行为。

五、建房审批手续形同虚设。