药物治疗：适用于病情较轻、卵巢巧克力囊肿不大者。疗程一般为6-9个月。若作为手术前后的辅助治疗，疗程可缩短为3-6个月。

手术治疗：最早用于子宫内膜异位症的治疗，至今仍然是主要手段之一。治疗主要适合于病情较重或疼痛严重而药物治疗无效者；(一)保守性手术：仅切除内膜异位病灶，保留卵巢和子宫。适用于年轻、想保存生育机能者，特别是采用药物治疗无效者，术后大约50%-60%能怀孕。剖腹手术适用于粘连广泛，病灶巨大，特别是有巨大的卵巢巧克力囊肿患者。(二)半根治性手术：切除异位病灶的同时切除子宫，至少要保留部分卵巢。适用于已生育、年龄在35岁以上、疼痛顽固或同时伴有子宫病变者，半根治性手术可根治痛经，术后异位症复发的机会很少。(三)根治性手术：切除双侧附件及子宫，可根治子宫内膜异位症，适用于更年期妇女；近年来，广泛开展阴式切除手术治疗子宫内膜异位症，通过阴道，切除异位病灶及整个子宫，免除患者做开腹手术的痛苦。?[2]?