区别是：

1、概念不同。箱单一般指卖方向买方提供的商品清单，包含数量、尺寸、重量、型号等内容。仓单是保管人收到仓储物后给存货人开付的提取仓储物的凭证。

2、作用不同。箱单是发票的补充单据，它列明了信用证（或合同）中买卖双方约定的有关包装事宜的细节，便于国外买方在货物到达目的港时供海关检查和核对货物。

通常可以将其有关内容加列在商业发票上，但是在信用证有明确要求时，就必须严格按信用证约定制作。仓单是保管人向存货人出具的货物收据；是仓储合同存在的证明；是货物所有权的凭证；是提取仓储