1、花椒流胶病。花椒流胶病常伴随天牛、吉丁虫而发生。该病在高温期发病率高，能迅速引起树干基部韧皮部坏死腐烂流胶液，严重影响营养运输，导致叶片黄化乃至整个枝条或树冠枯死。

2、花椒根腐病。花椒根腐病是花椒树的首要大敌，绝不能掉以轻心。

3、花椒叶锈病。花椒锈病是花椒叶部的重要病害，可引起椒树叶子提前大量脱落，从而导致椒树再次萌发新叶。这样不仅影响了当年椒树的营养积累，重要的是因二次发叶消耗大量养分，直接影响翌年花椒的产量和品质，更重要的是对花椒树的寿命有很大的威胁。

4、花椒炭瘟病。该病危害花椒果实、叶片及嫩梢。发病初期，叶片、果实表面有数个褐色小点、呈不规则状分布。

5、花椒溃疡病。花椒溃汤病是仅次于流胶病的又一重要枝干病害。该病害主要危害树冠下部大枝条或主干，产生大的溃疡斑。