巴尔喀什湖的盐度差异的原因：

1、湖的西部有伊犁河、卡拉塔尔河、阿克苏河、阿亚克兹河等由高山冰原流入淡水，盐度只有1、48‰，由于淡水供应量充足，令西半部分有足够淡水补给，成为淡水湖泊。

2、东半部分只有几条小河将河水注入，大蒸发量加上少淡水补充，令湖东半部分的盐分渐渐提高。

3、东西部分湖的接口处狭窄，湖水交换困难，形成了盐度的差异。