编剧的立意很明显，想要铺垫续集，却因为时间问题，剪辑出来的效果不能够让观众通俗易懂”，最终导致伏笔成了败笔”。有网友猜测《包青天再起风云》其实内容拍了足够多，只是集数限制导致结局不明不白，或许如果官方放出更多内容，观众能够解读剧集想要表示的真正结局。不管如何，《包青天再起风云》在剧集播出过程中，还是能够接受的。只是结局，不仅汤粉没有完全弄懂，观众也依然是一头雾水”。

按照正常剧情发展的大结局，最后一集前半部分很正常，后半部分却成了谜一样”的结局。对于这部剧的结局，汤粉个人的评价是想要埋伏笔，却成了败笔”。《包青天再起风云》从后期发展的剧情来看，大BOSS也就是云中流，从一开始就已经登场，原来看起来像是正义之士”的他，竟是皇室宗亲，为了当上皇帝，不惜牺牲掉自己身边的人，只为完成他眼中的大业”。

故事的最后，正常的发展便是云中流领盒饭，TVB依旧秉承好人有好报，恶人得到应有下场”的结局，前半部分的结局还是构造得蛮好的。但是接下来的剧情，就让观众一头雾水了。当云中流领盒饭后，突然出现的黑衣人刺杀云中流，之后逃跑的剧情，让观众摸不着头脑。有网友解读为刺杀云中流的人，是女主角云千羽”，之后在峡谷的消失，其实是暗示观众，云千羽领盒饭的意思。至于是真是假，由观众去猜想。云千羽的神秘消失，又意外出现，这在短短不到二十分钟内反复不断，才是让观众万万没想到的。云千羽恢复公主身份，却被送去西夏和亲，结果包拯一句成亲队伍遭洗劫”，暗示公孙策可以跟云千羽有情人终成眷属。当公孙策找到云千羽时，云千羽却消失了，这一切像是公孙策的一场梦，也同时像是一场幻觉。编剧要表明的意思，应该是公孙策和云千羽的结局，属于开放式类型，但是种种迹象，让观众一头雾水”。