日本纳豆气味较臭，味道微甜，不仅保有黄豆的营养价值、富含维生素K2、提高蛋白质的消化吸收率，更重要的是发酵过程产生了多种生理活性物质，具有溶解体内纤维蛋白及其他调节生理机能的保健作用。

传统制法将蒸熟的黄豆用稻草包裹起来，稻草浸泡在100度的沸水中以杀菌消毒，并保持在摄氏40度放置一日，稻草上常见的枯草杆菌（纳豆菌）因可产生芽孢而耐热度高，杀菌过程不受破坏，高温培养速度快也能抑制其他菌种，并使黄豆发酵后产生黏稠的丝状物，这种黏稠外观主要来自成分中的谷氨酸，被认为是纳豆美味的来源。