在明朝的历史上，一共出现过三个都城：

1、中都。1368年，朱元璋称帝，定国号为明。并选择了应天，也就是现在的南京作为京师，以开封为陪都，以供“春秋巡狩”。但是在1369年，朱元璋又改变了主意，把自己的家乡凤阳作为中都，并营造宫殿。但是1375年，朱元璋又突然放弃了

2、南京。在放弃了凤阳中都之后，朱元璋正式的把南京作为明朝的首都。

3、北京。1402年，朱棣占领南京，次年（永乐元年）改北平为北京，开始了迁都的准备工作。明成祖永乐十九年（1421年）迁都北京，南京应天府改为留都。

留都才是南京在历史上作为明朝原首都的正史称呼。 明成祖迁都北京后，仍然保留了南京的都城地位，并保留了一套中央机构。南京和京师一样，设六部、都察院、通政司、五军都督府、翰林院、国子监等机构，官员的级别也和京师相同。北京所在府为顺天府，南京所在府为应天府，合称二京府。