刑事案件立案侦查终结后的处理是：

1、撤销案件。在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件。

2、移送审查起诉。公安机关在对案件经过一系列的侦查活动后，认为案件事实已经清楚，证据已经确定、充分，依照法律规定能够认定嫌疑人确有罪行，需要追究刑事责任的，应当决定将案件终止侦查，移送人民检察院审查起诉。

【法律依据】

根据《刑事诉讼法》第一百五十六条，对犯罪嫌疑人逮捕后的侦查羁押期限不得超过二个月。案情复杂、期限届满不能终结的案件，可以经上一级人民检察院批准延长一个月。