公寓房和已购公房的区别就在于产权归属不同，所缴纳的税费也是不同的，公房一般都是单位或企业分配给职工的住房，在房改以后买个人产权的就是已购公房，是可以直接上市交易的，没有购买产权的则拥有使用权，是不能直接上市交易的，公房一般都是小户型比较多，而且物业管理的费用比较低，房龄老，采光好，房屋使用面积大。公寓房就是具有经营资格的房地产开发公司，通过出让方式取得土地使用权之后，建设经营的住宅是按照市场价进行出售的，一般物业管理费会比较高，楼龄是新的，公摊面积比较多，大户型比较多一点，和公房相比，使用面积相对小。此外二者的税费收的是不一样的，但是契税都是一样的，公房满两年就没有增值税，公房绝大部分是查不到原值的的，所以个税是1%征收，而公寓房是收差额20%，而且公寓房如果不满两年是有按全额的5.6%缴纳增值税，满两年的普通住宅则免收，满两年的非普通住宅则按差额的5.6%进行征收。