《使徒行者》的结局是郭sir没当差和老婆过幸福生活，KOBE死了，YAN去坟地上看他，答应会过的很好，爆seed回归警队，三年后在自己开的沐足店和阿钉相遇。

在千钧一发之间，卓凯的支援部队终于赶到现场，双方展开激烈战斗，警方终成功救出了家强，但是小嘉却被凶徒带走，家强为此而感到焦急不已。卓凯收到瑞安的来电，得知小嘉及羡晴被绑架到电视厂房之中，家强及卓凯为救心中所爱，决定以身犯险，而瑞安亦借机向卓凯提出挑战。

羡昕独闯瑞安巢穴，瑞安指卓凯如未能在限时内在厂房中找出羡晴，他便会在电视节目中公开全香港的卧底身分。羡昕凭着浩勤的鼓励，只身闯进瑞安存放电脑资料的地方。羡昕成功找到电脑，欲阻止局长散播资讯之际，却因而遇上了保护资料的杀手袭击，无法反击身陷险境。