基本医疗保险账户的资金主要来源于两部分，一部分是个人缴费，一部分是单位缴费。个人缴费的部分会全部记入个人账户中，而单位缴费只有部分会记入个人账户。个人账户中的本金和利息是为个人所有的，可用于支付小病、门诊费用等等，因此基本医疗保险余额是指的这部分余额。

单位缴费的剩余部分会进入统筹基金，统筹基金的钱主要是用于大病或住院费用，因此多半是用于报销的。统筹基金和个人账户是分开结算的，两者互不影响。