其一：患者胆囊切除后，胆道内胆汁的逆流现象增多，因而胆道感染的机会也增加，切除胆囊后，空腹时胆汁也会连续进入肠道，没有食物和胃酸中和，胆汁在十二指肠蓄积，达到一定压力后逆流入胃，胆汁中的卵磷脂对胃黏膜的损害很大，会引起胆汁反流性胃炎，症状严重的患者还会出现烧心的疼痛感，并且有可能伴有呕吐和体重减轻的情况。

其二：胆石症或胆囊切除术的患者，胆汁中的胆汁酸在肝和肠这间循环加快，次级胆汁酸在肠道中生成增加，它们的代谢产物有较强的致癌作用，因而大肠癌的发病率会增加。

其三：手术后，无法一次取净或取石有困难，有些病人在胆囊切除后，由于其肝脏排出的胆汁成份异常(称成石性胆汁)，容易形成新的结石。