第一：过量地食用玛卡可能会导致甲状腺肿大，玛卡中含有硫代葡萄糖甙的化合物,如果结合低碘饮食过量服用，可能会导致甲状腺肿胀。服用者会出现吞咽困难，咳嗽，甚至是呼吸困难的感觉。

第二：食用玛卡可能还会过敏，过敏主要是针对过敏源导致的，而且每个人的过敏源都不同，过敏的症状包含口部，嘴唇或咽喉有瘙痒，刺痛或肿胀。皮疹，皮肤红肿，瘙痒，腹泻或呕吐，流鼻涕或鼻塞，眼部发红，痛或流眼泪等症状，需要及时治疗。

第三：玛卡会调节性激素水平，导致月经失调，性欲下降。玛卡适合内分泌失衡的人食用，如果内分泌正常就无须服用玛卡，因为玛卡可能会增加荷尔蒙分泌，导致内分泌失衡，正常人要记住不能随便吃玛卡。