传统给蘑菇浇水的方法是使用喷水桶，以喷淋的方式给蘑菇浇水，这样的方法有损伤菌丝体的缺点。

现在的工厂化生产则有特定的雾化喷淋方式了，即通过超声波把水雾化后送入菇房，具有效率高，补水的效果好等优点，而且现在也已经有了小型的超声波加湿器了。

效率最差的是浸泡法，把菌棒浸泡到水中，菌丝体会死亡很多，而且栽培袋的营养也会被水析出，所以这个不是很好的办法。

再则有专门的补水器，香菇，等菌棒可以使用补水器进行补水。