方法一：口服中药。由于从口服到内脏吸收到达皮肤，药力损耗大，这种口服中药运用扶正祛邪的原理，但是，此种方法由于不是直接的对病毒进行杀灭，因此，在效果的显示上，当然并不是特别理想的。

方法二：注射激素转移因子。西医治疗扁平疣主要注射转移因子等激素来提高人体免役功能。由于这一种间接性治疗不是直接能杀灭扁平疣病毒，所以治愈率也很低，特别是对一些年龄偏高的人。

方法三：采用激光铲除的方法。由于扁平疣病毒是在表皮下面，激光只能铲除表面扁平疣颗粒，而皮下病毒没有铲除，所以不可能起到根本的治疗作用，即使当时铲除了，往往过了几个月扁平疣还会重新发出来。