1、两个或多个基因同时表达，就是基因共表达。

2、基因表达谱分析所采用的常用方法是聚类，其目的就是将基因分组。从数学的角度，聚类得到的基因分组，一般是组内各成员在数学特征上彼此相似，但与其它组中的成员不同。

3、从生物学的角度，聚类分析方法所隐含的生物学意义或基本假设是，组内基因的表达谱相似，它们可能有相似的功能。然而，产物有相同功能的编码基因，不一定共享相似的转录模式。有不同功能的基因可能因为巧合或随机扰动而有相似的表达谱。