1、武器专业，国家一级学科；

2、计算机专业，国家二级学科；

3、自动化专业，2006年排在清华后面，位居全国第二；

4、通信专业，排名不详，是南京理工大学最好、最热门的专业；

5、机械工程专业，全国40左右，省级学科；

6、应用化学专业，国家二级学科。