因为液泡是作为植物细胞中的单层膜结构的细胞器，其内有细胞液。花、叶、果实的颜色，除绿色之外，大多由液泡内细胞液中的色素所产生，常见的是花青素。花瓣、果实和叶片上的一些红色或蓝色，常常是花青素所显示的颜色。花青素的颜色随着细胞液的酸碱性不同而不同，细胞液酸性时为红色，碱性时为蓝色。液泡中还常含有晶体，它是细胞液中含有盐类所致，常见的是草酸钙结晶。晶体的形状有三种，单晶体、复晶体和针晶体。