因为这两种东西的分子机制和序列都有明显的同源性，既有可能是反转录转座子在进化过程中获得了一些蛋白质，从细胞里脱离出来成为逆转录病毒；也有可能是反转录病毒进入细胞以后整合到基因组里成了逆转录转座子。tRNA的一些功能，可能是一种过渡形态的遗传信息传递方式的遗迹，来自于RNA作为主要遗传物质时的自我复制机制。一些RNA病毒的基因组末端结构，也就是tRNA的特征，而这个结构是用于RNA病毒基因组的复制起始的。另外粉色面包霉菌的线粒体质粒在复制过程中，要通过中介RNA完成，这个过程中的逆转录被一些人视为进化过程中RNA基因组复制向现在的DNA基因组复制的一个过渡形态的遗迹。