经济适用房的弊端：

1、建造经济适用房由政府出面组织，效率低下。如果政府直接出面，违背市场经济中专业分工原则。即使间接出面，中间承接的发展商不以经济效益为考核，难以达到社会资源的最优配置。

2、经济适用房以售为主，缺乏退出机制，这是一个根本缺陷。因为买经济适用房的时候是穷人，不代表将来是穷人，收入改善后还不退出，一直占用政府补贴的住房，对其他穷人不公平。

3、我国的经济适用房政策，国家采用减免土地出让金和相关税费的方式，责令开发商限价出售给中低收入城市居民。开发商通过协议的方式取得土地，以政府的定价出售，除房价以外的房屋质量、社区配套设施等由企业自主决定。这给企业在房屋质量、相关设施等方面留有很大的运作空间，留下了巨大的利润空间，同时，也带来了更多的隐患。

4、经济适用房可能带来一些后遗症，容易形成穷人聚居的贫民窟、问题社区，造成居住割裂。穷人富人彼此隔绝、相互不沟通，越来越没有交流，这对社会影响是非常严重的，严重妨碍社会和谐团结。