强奸罪一般要证明两点：一是发生了性关系；二是违背了妇女的意志。证据就要围绕这两点形成证据锁链。可以从女方处提取遗留精斑或残留精液，从受害人身上提取嫌疑人留下的线索，包括毛发、皮屑、体液(含汗水、口水、血液)、纤维等，环境许可还可考虑指纹、掌纹、脚印等许多线索，通过司法机关鉴定，可以确定是否是实施强奸的男性所为；这就证明了第一个问题。

至于违背妇女意志的事实证明，主要的证据有被害人的陈述，犯罪嫌疑人自己的供述。

【法律依据】

《刑事诉讼法》第五十五条第二款规定，证据确实、充分，应当符合以下条件：(一)定罪量刑的事实都有证据证明；(二)据以定案的证据均经法定程序查证属实；(三)综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。