核仁在电镜下为裸露无膜，由纤维丝构成的海绵状结构。

一般认为，核仁由以下4个特征的基本结构部分组成：

1、核仁相随染色质；

2、纤维结构，是电子密度致密部分，是RNA和蛋白质的复合物；

3、颗粒成分，表现为高电子密度的颗粒，主要成分是RNA和蛋白质；

4、核仁基质为无定形的蛋白质性液体物质，电子密度低。