1、明朝内阁制强化了君主专制制度。内阁制度随着皇权的高度强化而建立，权利的来源，由君主所授予，对君权的制约作用有限。事无大小，内阁都要秉承君主的旨意行事，遂成为君主加强专制的工具，因此明代的君主专制比前代尤甚，助长了君主专制。

2、形成了明代宦官的专权。明代内阁因缺乏法定的地位和权力，只是政务的辅助机构，通过票拟、修旨来辅政，但大学士的票拟最终要通过皇帝的朱批，而明代的司礼监秉笔太监掌章奏文书，宣宗时大臣章奏除皇帝亲批数本外，皆由司礼监秉笔太监参照内阁的票拟披红。

3、导致政风因循。明代阁臣绝大多数是由进士而翰林，而拜命入阁之人都是十年寒窗，久在翰林苑，舞文弄墨之士，并无实际的政治经验，一旦入阁，大都昏庸而无识见，阁臣为保官秩，大都庸庸碌碌，而很少勇于任事，敢作敢为。