电子招投标的弊端有：

1、招标投标管理以政府部门和行政手段为主，容易形成一管就死，一放就乱的局面。招标投标管理迫切需要借助专业机构的力量促进招标投标管理。

2、以建设系统为主的地方行政管理工程招标行为，容易造成建设市场条款分割、地方保护主义。

3、对电子招标从业人员尚未形成完善的资格管理制度，导致行业内人员素质高低不齐。

4、电子招标机构定位尚需进一步明确，各个招标代理机构方向各有不同。