1、第一种：慈禧知道自已即将归西天，不愿意在他死后，光绪皇帝重新掌权，派人毒死了光绪帝。

2、第二种：袁世凯见慈禧一病难起，怕慈禧死后，光绪掌握实权，报复自已在戊戌变法出卖皇帝的行为，于是贿赂宫廷宦官，用剧毒药物害死光绪帝。

3、第三种：太监李莲英得悉光绪帝的日记中载有西太后死后将诛袁世凯和他的消息，与慈禧一起阴谋将毒药投入光绪帝的食物中致使光绪帝中毒身亡。

4、第四种：这几年来有专家根据光绪帝生前的病历，结合当时的历史背景和现代中医学理论，推断是光绪帝因为严重肺结核病加上其它并发症，导致死亡的。

5、第五种：光绪帝有严重的肾亏，加上光绪帝从小身体虚弱，从几岁起就受慈禧的压制，长期处在紧张之中，后来又在做皇帝时更是经历一连串的挫折和打击，病情逐渐加重，引起一系列呼吸道、消化道、等并发病症，最后病亡。这一说法主要依据是光绪生前的病历和光绪生前自已的一段回忆。