限制酶不只存在于原核生物中，一方面是因为现在的生物技术限制，我们只在原核生物中发现了限制酶，但不能武断的说限制酶内仅存在于原核生物中，我们甚至可以肯定的说在高等生物中一定存在限制酶，另一方面现在的限制酶已经可以人工合成了。

限制酶在原核生物中的作用百是防止外来病原物的侵害，将外源DNA切割保证自度身安全。它能识别DNA分子的某种特定核知苷酸道序列，并切割两个核苷酸之间的磷酸二酯回键，产生的末端有黏性末端（如EcoRⅠ切割的末端）和答平末端。