公司是可以扣员工的工资的，前提是员工违反了一定的规章制度。但是如果公司克扣员工工资，属于违法行为，员工可以申请劳动仲裁。如果公司把员工的工资全扣了，是违反了一定的法律法规的，根据我国法律的相关规定，每月扣减的工资不可以超过员工的工资的百分之二十，否则，需要承担一定的法律后果。

法律依据：根据《劳动法》第四十八条规定，国家实行最低工资保障制度。最低工资的具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定，报国务院备案。用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。