日本忍者的训练方法如下：

食指的是忍者的食谱，为了轻巧出没于树枝屋顶，炼出一身卓越轻功，合格的忍者体重一般不超过六十公斤，一日三餐均以黑米、燕麦、豆腐、磨芋为主。香指忍者能通过衣服上的味道判断对方的经济情况与地位，但为了掩饰自己忍者身份，忍者常用商人、修炼者、和尚等七种变身，在传承馆展出的丁香、檀香、桂皮等香料便是他们用来制造不同的体味，增强变身的真实性时使用的。药更不简单，忍者通常也是一名医生与药物专家，善于运用山林各种植物和草药来治伤医病。长时间潜伏时为避免蚊虫叮咬，忍者随身携带着大量驱虫药。气指忍者注重修身养性，以便实战中可以集中精力，果断勇猛且处惊不变。体是指忍者注重肌肉与关节的锻炼，同时配合静坐、呼吸、按摩、针炙等恢复方法来锻炼自己，以适应各种武技的需要。