两个具有不同遗传性状的细胞，采用适宜的水解酶溶解细胞壁后，在自发情况或融合剂作用下，两个原生质体接触，融合成为异核体，经过繁殖复制进一步核融合，形成杂合二倍体，再经过染色体交换产生重组体，达到基因重组的目的，并在适宜的条件下再生出细胞壁，对重组体进行生产性能、生理生化和遗传特性分析获得所需重组子。

其中，细胞在用酶分离原生质体过程中发生的原生质体自然融合现象又称自发融合；而分离原生质体以后，通过加入诱导剂或利用其他方法诱导不同亲本原生质体发生融合的过程又称诱导融合。理版论上讲原生质体融合可在包括种内、种间、属间、科间甚至是界间的任何原生质体间进行，它不仅可以突破物种间的生殖隔离，创造远缘杂种；还可以使双亲的细胞质基因结合在一起，从而达到改良由胞质基因控制的性状的目的权。