常见可以使蛋白质发生化学变质反应的物质有：强酸、强碱、重金属盐、三氯乙酸、乙醇、丙酮、紫外线、高温等。蛋白质发生性质的改变凝结称之为蛋白质的变质，这种凝结是不可逆的。蛋白质变性后，会丧失原有的性状，失去其生理的作用，因此蛋白质的变性凝固是不可逆的过程。

蛋白质的另一种变质指的是腐败变质，是在微生物为主的作用下所发生的物理、外形改变。引起蛋白质腐败变质的常见原因是：微生物作用、分解酶作用以及食物的化学反应等。