咖啡因促进谷胱甘肽酶的分泌，后者为肝脏解毒和消除自由基最重要的酵素。咖啡所含的咖啡因及茶碱扩张肠壁的血管并缓和肠炎。

咖啡灌肠所注入的咖啡，清洁了肛门附近左侧的大肠，此处为大肠最容易藏污纳垢、宿便最多及恶菌繁殖力最强的地方。口服的咖啡会刺激胃壁，其所含的杀菌成份，对于大肠上部的有益菌不利。

咖啡灌肠液中的酸会刺激肛门皮肤，可能会使痔疮恶化。因此，直肠有出血性伤口的人也不适合。若体力不好、身体虚弱的人，进行灌肠后会急速排便，可能引起体内钠或钾等矿物质的平衡失调，进而引起贫血现象。孕妇不宜进行咖啡灌肠，尤其在怀孕初期更是禁忌，过於刺激肠道可能引起子宫异常收缩。