区别如下：

菌丝体指的是由许多菌丝连结在一起组成的营养体类型。菌丝体是菌丝集合在一起构成一定的宏观结构。菌丝体是可以肉眼看见的，如:放久的馒头长出来的黑色绒毛状真菌。

子实体是高等真菌的产孢构造，即果实体，由已组织化了的菌丝体组成。在担子菌中又叫担子果，在子囊菌中又叫子囊果。无论是有性生殖还是无性生殖，无论结构简单或复杂，都称其产孢结构为子实体。