主要区别是外形区别，高加索犬是长毛而中亚是短毛。中亚牧羊犬打架比高加索厉害，但是高加索犬综合能力更加出众。

高加索犬属于巨型犬，毛长而厚，南方地区较短，性格凶猛，对主人忠心耿耿、热情、粘人，原产于俄罗斯，耐寒和干燥，不耐热。

中亚牧羊犬属于大型犬，体毛中等，原产于中亚边境地区和西亚如哈萨克斯坦，土克曼斯坦，伊朗等地，耐寒又耐热，性格凶猛、较孤僻、高傲、不特别粘人。

两种犬都属于猛犬，体制和抵抗力十分好，几乎不得病。