草豆蔻和肉豆蔻最重要的区别就是来源不同，虽然它们都来源于姜科植物，但草豆蔻来源于姜科植物，草豆蔻是这种植物的干燥种子团，而肉豆蔻则来源于肉豆蔻科，常绿乔木是这些植物的干燥果仁，她在收取以后，需要先把它的豆蔻去掉。

草豆蔻的外形多为长圆形或扁圆形，它的基部为三角形，表面为灰棕色，质地坚硬，而肉豆蔻多是椭圆形，它的长度在三厘米，宽在两厘米左右表面多为灰黄色，它在生活中多用来制作卤水，而草豆蔻则用来调味。