氨基酸的通式中含有一个-R集团，不同的-R集团赋予氨基酸不同的性质，如含有非极性R基的氨基酸呈疏水性，含极性R基的氨基酸呈亲水性，氨基酸序列构成蛋白质一级结构，然后非极性氨基酸在疏水作用下相互靠近，被包埋在蛋白质内部，而亲水氨基酸则分布在蛋白质表面，构成蛋白质的立体结构。此外，通过氢键，离子键，二硫键等力的作用可以使一级结构上相聚较远的氨基酸相互靠近作用，在三维空间相互联系。所以当一级结构确定以后，每个氨基酸的位置和性质就决定了它与周围其他氨基酸的作用，即决定了蛋白质的空间结构