1、发病初期可用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、65%代森锰锌可湿性粉剂500倍液、70%百菌清可湿性粉剂800倍液、20%三唑酮乳油3000倍液或50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液喷雾防治。

2、发病中期可用98％恶霉灵2000～3000倍灌根。

3、玉米茎腐病的综合防治措施可以清除田间病株残体。对制种玉米在抽雄时及时将发病雌雄株拔除。玉米收获后彻底清除发病株，集中烧毁或结合深翻土地而深埋。