“两院”的历史其实并不长。上世纪50年代，西方国家对我国橡胶等战略物质进行封锁。因此，国家决定在华南建立天然橡胶生产基地。1953年，研究橡胶的华南特种林业科学研究所在广州成立，后改名为华南热带作物科学研究所。由于所址在广州，远离研究对象，在很大程度上影响研究工作的开展。因此，当时我国农垦部要求研究所下迁到海南热带作物生产中心，结合生产开展研究。1958年，所长何康带领研究所200多名职工及其家属子女离开了繁华的广州，来到海南。早在研究所酝酿搬迁的时候，何康就已设想借鉴美国贝尔茨维尔农业科学城的做法，研究所建到生产基地后，办成科研、教学、推广三结合的基地。“华南热带作物学院”就在这一年创办。新址地处偏僻，周围除了几个村子和几片橡胶园之外，全是荒山野岭，“宝岛新村”这个名字是研究所迁来后才起的。1994年，“华南热带作物科学研究所”改名“华南热带作物科学研究院”。于是，“华南热带作物科学研究院”与“华南热带作物学院”一起，被称为“热作两院”，俗称“两院”。