方法一：可以选择口服中药。由于从口服到内脏吸收到达皮肤,药力损耗大,这种口服中药运用扶正祛邪的原理,不是直接杀灭病毒,所以效果并不理想,并且要长期连续服用几十天,一般坚持是很难的。

方法二：注射激素转移因子。西医治疗扁平疣主要注射转移因子等激素来提高人体免役功能。由于这一种间接性治疗不是直接能杀灭扁平疣病毒,所以治愈率也很低,特别是对一些年龄偏高的人，不会有什么用处。

方法三：采用激光铲除的方法。由于扁平疣病毒是在表皮下面,激光只能铲除表面扁平疣颗粒,而皮下病毒没有铲除,所以不可能起到根本的治疗作用,即使当时铲除了,往往过了几个月扁平疣还会重新发出来。但是可以短暂的去除。